单细胞的T细胞亚型和状态注释工具与数据库

介绍

本研究构建了最大的人类T细胞亚型和状态的单细胞参考表谱，包含来自35种疾病状态和16种组织的约134万个T细胞的68种亚型和状态，并开发了T细胞亚型和状态的自动注释工具STCAT，其准确性比现有工具高出28%，同时建立了T细胞的单细胞数据库TCellAtlas。

数据库使用

TCellAtlas主要模块如下： 浏览与数据集模块 单细胞RNA测序数据深度呈现模块 在线注释与分析单细胞RNA测序数据 T细胞亚型与状态参考模块 单细胞RNA测序数据下载模块

STCAT算法：

基于高置信度的T细胞亚型/状态参考库，我们开发了STCAT（单细胞T细胞注释工具）。该工具可自动从不同条件和组织的单细胞RNA测序数据中注释T细胞亚型/状态。STCAT工作流程包含五个步骤：(ⅰ)检测CD3D、CD3E和CD3G表达以识别T细胞；(ⅱ)对原始计数表达矩阵进行标准化与对数转换； (ⅲ) 初级注释：通过CellTypist模型（以参考库中68种亚型/状态的完整细胞表达谱为输入）构建的一级模型，区分非典型T细胞、CD4+和CD8+ T细胞； (ⅳ) 采用第二层注释，分别使用基于参考库训练的CD4+和CD8+细胞模型进行二次分类；(ⅴ) 通过CD4+和CD8+ T细胞亚型/状态标志基因校正注释结果。

访问地址

自动注释工具STCAT链接：https://github.com/GuoBioinfoLab/STCAT
数据库TCellAtlas链接：https://guolab.wchscu.cn/TCellAtlas/

参考文献

Wen-Kang Shen, Chu-Yu Zhang, Yi-Min Gu, Tao Luo, Si-Yi Chen, Tao Yue, Gui-Yan Xie, Yu Liao, Yong Yuan, Qian Lei, and An-Yuan Guo. An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution. Science Bulletin. 2025 Mar. doi: 10.1016/j.scib.2025.02.043. PMID: 40157887