高通量中药实验参考数据库HERB

介绍

药物转录组学已成为评价药物疗效和发现新的药物靶点的有力手段。近年来，中药研究越来越多地转向高通量转录组筛选中药/成分的分子效应。许多研究已经检查了草药/成分的基因靶点，并将草药/成分与各种现代疾病联系起来。然而，目前还没有系统的数据库来组织这些数据。因此，我们建立了一个高通量的中药实验参考数据库HERB，中文名称为本草祖鉴。我们重新分析了来自1037个高通量中药/成分评价实验的6164个基因表达谱，通过将HERB的综合药物转录组数据集映射到现代药物最大的CMap数据集，建立了中药/成分与2837种现代药物之间的联系。此外，我们从1966年最近发表的文献中手动整理了473种草药/成分的1241个基因靶点和494种现代疾病，并将这些新信息与包含药物数据的数据库进行了交叉引用。结合数据库挖掘和统计推理，我们将12 933个靶点和28 212种疾病与7263种草药和49 258种成分进行了关联，并在HERB中给出了它们之间的6种配对关系。综上所述，HERB将大力支持中药现代化，并指导合理的现代药物研发工作。可以通过http://herb.ac.cn/访问。

浏览功能

用户可以通过点击导航栏上的“浏览”按钮浏览数据库，在下拉菜单中选择一个组件查看记录。对于每个组件，第一列表示记录的id，其中包含到详细页面的超链接。

搜索功能

用户可以在“搜索”页面搜索HERB数据库提供的药草、成分、目标基因、疾病四类数据。搜索框下方显示允许搜索的关键字示例。例如，如果你想搜索一种成分，以“triptolide”为例，你可以使用成分ID“HBIN047173”或成分名称“triptolide”来搜索它。 用户可以从“浏览”页面和“搜索”页面通过点击特定项目的超链接进入详细信息页面。以triptolide为例，第一部分包括关于它的描述性信息。摘要信息由ingredient name, alias, formula, molecule smile, molecule weight, and external IDs。

下载功能

有关HERB中所有六个组件的信息可从下载页面下载。我们在数据表中为每个组件提供统计信息。同时，表格下方给出了每个数据组件中所有列的详细描述，以便用户快速了解数据内容。

访问地址

访问地址:http://herb.ac.cn/