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本草组鉴-HERB2

平台概述

HERB 2.0是一个基于现代医学标准构建的中医药数据平台，旨在通过系统化、结构化的数据整合，支持中医药（TCM）的现代化研究与药物发现。与HERB 1.0相比，HERB 2.0在数据类型、数据质量、功能和用户体验方面做出了显著提升，尤其是在临床证据和实验数据的整合方面。
平台集成了TCM相关的多个高质量的数据源，包括8558项临床试验、8032项荟萃分析、2231项高通量实验数据以及6644项参考文献。通过平台，研究人员可以便捷地查询、浏览和分析中医药相关的各类证据，帮助探索中草药、中药小分子、中药复方、疾病及其治疗机制。通过易于使用的界面和智能化的分析工具，旨在推动中医药与现代医学的结合，并为新药发现和疾病治疗提供理论支持和数据保障。

如何使用HERB 2.0

  1. 浏览与筛选数据：

    • 进入浏览页面：点击平台导航栏中的“Browse”按钮，进入数据浏览界面。可以选择不同的数据类型（如中药、成分、复方、基因靶点、疾病等）进行浏览。
    • 添加筛选条件：左侧的筛选栏允许用户根据特定条件（如实体类别、证据类型等）筛选数据。设置筛选条件后，点击“Submit”按钮，右侧表格将显示符合条件的所有数据条目，用户可以查看每条数据的详细介绍。

  2. 强化的搜索功能：

    • 多源数据搜索：平台支持通过输入关键词，检索中药、成分、复方、基因靶点和疾病等数据，方便不同领域的研究者进行跨领域查询。
    • 详情页面信息：点击检索结果中的具体条目，用户将进入该实体的详情页面。页面包含基础信息（如分子式、别名、药物相似性等）以及与该实体相关的关系数据（如药物-疾病的组学连接图谱、实体的不同证据信息、实体之间的交互关系等）。

  3. 基因表达谱数据的连接图谱分析：

    • 上传数据：在“Analyze”页面，用户可以上传自己的基因表达谱数据。上传的基因特征集应包括上调和/或下调基因列表，且这些基因需要按重要性排序。
    • 选择参考数据集：上传数据后，可以选择不同的参考数据集进行分析。例如，用户可以选择中药、成分、复方或疾病的表达谱数据集，这些数据集均基于人类样本构建，并涵盖多个实验结果。
    • 连接图谱分析：用户可以通过连接图谱分析（Connectivity Mapping）方法，计算查询的基因集合与中医药实体之间的关系。平台支持标准CMap方法、调整后的RGES方法和ZhangScore方法。还可以根据研究需求，调整映射阈值，并选择映射方向（相似、相反或两者兼有）。

  4. 知识图谱功能：

    • 探索中医药知识网络：HERB 2.0构建了一个丰富的知识图谱，涵盖了九种类型的实体，总计129,441个实体，包括五种基础实体和四类证据实体。这些实体之间通过28种不同的关系类型相互连接，构成了2,871,083个关系，从而形成了一个庞大的、丰富的中医药知识网络。
    • 查询与可视化：用户可以通过知识图谱界面查询特定实体，并探索与之相关的其他实体及证据。这种可视化的表示方式使得用户能够直观地发现不同实体之间的潜在关系和机制。

平台访问与支持：

官网访问：http://herb.ac.cn/v2/
备用链接：http://47.92.70.12/
常见问题解答：http://herb.ac.cn/v2/FAQ/

HERB 2.0是一个全面而强大的平台，无论是进行数据查询、比对分析，还是进行复杂的药物机制研究，HERB 2.0都能提供丰富的数据资源和先进的分析工具，帮助推动中医药与现代医学的结合，促进新药发现和疗法验证。