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DASES-食管鳞状细胞癌可变剪接数据库

介绍

DASES数据库针对食管鳞状细胞癌（ESCC），整理收录了大规模ESCC患者全转录组数据及其相关的可变剪接事件（ASEs）。 ESCC在全球癌症相关死亡原因中排名第六，尤其是在亚洲人群中普遍存在。已有研究表明，可变剪接在ESCC的发展和进展中扮演着关键角色。然而，现有研究缺乏一个专门针对大量ESCC病例进行ASEs探索和展示的数据库。大多数现有的可变剪接数据库主要关注基于mRNA的ASEs，而忽视了长链非编码RNA（lncRNAs）在ESCC分子机制中的作用。为了填补这一空白，本研究开发了DASES数据库。

功能介绍

DASES旨在为ESCC研究提供全面的ASEs见解，覆盖lncRNAs和mRNA。本研究结合了公开可用的和自主测序的ESCC全转录组数据集（图1），对346个样本进行了广泛的分析，其中93%是成对的肿瘤和癌旁组织样本，并从中鉴定出了257个新的与ESCC相关的lncRNAs（图2A）。此外，通过严格的功能注释，包括肿瘤与癌旁的配对比较、蛋白质结构域影响评估以及基因表达模式分析，DASES识别出了59,094个可能与ESCC相关的ASEs（图2B）。

DASES数据库的主要特点如下：

  1. 大规模成对样本收集：我们的研究包括大量成对的ESCC肿瘤和癌旁正常组织样本，确保了对ESCC病例的全面和准确代表。
  2. 发现新的ESCC相关lncRNAs：从转录组数据中，我们识别出了257个新的长非编码RNAs，这些发现对理解ESCC的基础生物学和潜在治疗靶点具有重要意义。
  3. 严格识别与ESCC相关的ASEs：我们的方法严格比较肿瘤和癌旁正常组织的异构体，以识别可能与ESCC相关的ASEs。
  4. 用户友好的界面和可视化工具：DASES提供了直观易用的界面，使研究人员可以通过不同的途径搜索与ESCC相关的ASEs，包括基因、转录本、可变剪接事件和基因组区域（图3）。

研究人员可通过网址进入DASES数据库，在Search版块我们提供了包括基因、转录本、可变剪接事件和基因组区域这几个不同的查询途径，通过输入感兴趣的Gene symbol/Gene ID，Transcript ID，ASE ID或chr-start-end Region，即可查询到相关的ESCC可变剪接事件信息（图4）。

综上所述，DASES数据库这一独特而全面的资源将极大地促进ESCC研究，使研究人员能够在转录水平上探索肿瘤的异质性，并推动该领域的新发现。


图1. DASES数据库中ESCC患者全转录组数据纳入标准


图2. DASES数据库中基因类型和可变剪接事件类型的组成


图3. DASES数据库用户界面及功能模块


图4. DASES数据库用户搜索功能示意图

访问地址

访问地址:http://www.hxdsjzx.cn/DASES/

Reference

Chen Y, Kuang Y, Luan S, Yang Y, Ying Z, Li C, Gao J, Yuan Y, Yu H. DASES: a database of alternative splicing for esophageal squamous cell carcinoma. Front Genet. 2023 Nov 10;14:1237167. doi: 10.3389/fgene.2023.1237167. PMID: 38028612; PMCID: PMC10667693.