人类癌症中lncRNA功能知识库
介绍
与其他分子相关联的长链非编码RNA可以协调多种生理过程，其功能障碍可以影响多种人类疾病。迄今为止，尚未对lncRNA在人类癌症中的多种相互作用调控进行系统、深入的阐述。在此，我们建立了lncRNAfunc, 一个lncRNA在人类癌症中的功能知识库，旨在为提供治疗靶向的lncRNA和密集的相互作用调控提供资源和参考。为此，我们从TCGA中收集了33种癌症类型的15,900个lncRNA。对于单个lncRNA，我们进行了不同生物分子的多重相互作用分析，包括DNA、RNA和蛋白质水平。我们对lncRNA的深入研究提供了lncRNA通过结合增强子和基因的3'-UTRs调节基因表达的多种潜在机制，与mRNA竞争miRNA结合位点，将转录因子招募到基因启动子中。此外，我们研究了lncRNA通过与RNA结合蛋白相互作用可能影响替代剪接事件。我们还进行了多种功能注释，包括癌症分期相关的lncRNA, RNA A-to-I编辑事件相关的lncRNA，以及lncRNA表达数量性状位点。lncRNAfunc是癌症研究界的独特资源，有助于更好地了解潜在的lncRNA调控和治疗性lncRNA靶点。访问地址：https://ccsm.uth.edu/lncRNAfunc。
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访问地址
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